Jours de carence arrêt maladie : 3 jours dans le privé, 1 pour les fonctionnaires

En 2026, les premiers jours d’un arrêt maladie ne produisent pas le même effet sur la paie selon le statut. Trois jours concernent les IJSS dans le régime général, contre un jour pour les fonctionnaires, avec des règles de maintien qui peuvent changer le montant réellement versé.

Le délai de carence désigne la période qui s’écoule au début d’un arrêt avant le versement des indemnités journalières de l’Assurance Maladie. Il ne permet pas, à lui seul, de savoir combien le salarié ou l’agent public perdra sur sa paie : l’employeur, la convention collective et la prévoyance peuvent compléter tout ou partie de la somme.

Le bon réflexe consiste donc à séparer trois lignes de raisonnement : la carence de l’Assurance Maladie, le maintien employeur et le statut applicable. La fiche de paie mérite parfois un diplôme de cryptographie, mais les règles ne reposent pas sur un seul chiffre.

Trois jours ou un seul, le compte est bon

Dans le privé, le week-end compte aussi

Pour un salarié relevant du régime général et placé en arrêt pour maladie ordinaire, les indemnités journalières de Sécurité sociale ne sont pas versées pendant les trois premiers jours. Elles commencent en principe au quatrième jour, si les conditions d’ouverture des droits sont remplies. Cette carence figure à l’article L323-1 du Code de la sécurité sociale.

Le décompte se fait en jours calendaires. Un arrêt qui débute un vendredi compte donc le vendredi, le samedi et le dimanche. Les IJSS peuvent commencer le lundi. Le week-end ne négocie pas.

Ces trois jours concernent le versement des IJSS, pas nécessairement le salaire payé par l’entreprise. Une convention collective ou un accord d’entreprise peut prévoir un maintien dès le premier jour. Une garantie de prévoyance peut également compléter les sommes, selon ses propres conditions.

Dans le public, le premier jour reste à quai

Pour un fonctionnaire en congé de maladie ordinaire, un seul jour de carence s’applique en 2026. Le dispositif a été rétabli le 1er janvier 2018 par l’article 115 de la loi n° 2017-1837 du 30 décembre 2017. Le premier jour n’ouvre pas droit au traitement correspondant, puis la rémunération reprend selon les règles du congé maladie.

Depuis le 1er mars 2025, le congé de maladie ordinaire est rémunéré à 90 % du traitement indiciaire pendant les trois premiers mois, puis à 50 % pendant les neuf mois suivants, dans la limite des droits disponibles. Cette évolution résulte de la loi de finances pour 2025, promulguée le 14 février 2025. Les primes et indemnités suivent des règles propres : appliquer un pourcentage au salaire net affiché ne suffit donc pas.

Le passage de la fonction publique à trois jours de carence a été envisagé dans les débats budgétaires de 2026, mais n’a pas été retenu dans le texte final. Le chiffre reste donc différent entre les deux régimes. Pour les contractuels, le régime applicable doit être vérifié séparément, car il ne se déduit pas automatiquement de celui des fonctionnaires.

Sept jours, mais pas la même caisse

La confusion entre trois et sept jours vient du maintien légal de salaire. L’article L1226-1 du Code du travail, complété par l’article D1226-1, prévoit sous conditions un complément employeur à partir du huitième jour pour un salarié ayant au moins un an d’ancienneté.

Ce complément vise 90 % de la rémunération brute que le salarié aurait perçue pendant une première période de 30 jours, puis 66,66 % pendant les 30 jours suivants. Les durées augmentent avec l’ancienneté. Les indemnités journalières sont prises en compte dans le calcul : l’employeur ne verse pas nécessairement 90 % en plus de la somme reçue de la CPAM.

Une convention collective peut supprimer cette carence de sept jours, réduire l’ancienneté exigée ou prendre en charge les trois premiers jours non indemnisés par la Sécurité sociale. Les conditions varient selon la branche, la catégorie professionnelle et la durée de présence dans l’entreprise.

Le statut de cadre ne supprime pas, à lui seul, les trois jours de carence des IJSS. Ce qui peut modifier la situation, c’est le texte collectif applicable, pas l’intitulé du poste.

La calculette tousse, la paie répond

Les indemnités journalières maladie correspondent à 50 % du salaire journalier de base. L’Assurance Maladie calcule ce salaire à partir de la moyenne des trois derniers salaires bruts, divisée par 91,25. Pour les règles applicables en 2026, le salaire pris en compte est plafonné à 1,4 fois le SMIC mensuel. Le plafond en euros doit être contrôlé dans le barème 2026 de l’Assurance Maladie, car il évolue avec le SMIC.

Prenons un salaire stable de 2 000 euros bruts par mois. Le salaire journalier de base atteint environ 65,75 euros, soit une indemnité journalière brute d’environ 32,88 euros. Pour un arrêt de sept jours sans complément conventionnel, les trois premiers jours ne donnent droit à aucune IJSS. Les jours 4 à 7 ouvrent droit à environ 131,52 euros bruts d’indemnités journalières, avant les prélèvements sociaux et l’impôt.

Ce calcul reste une estimation. La retenue opérée sur la paie peut obéir aux règles de décompte de l’entreprise, en heures, en jours ouvrés ou en jours calendaires selon la situation. Le montant net perdu ne correspond donc pas mécaniquement à trois fois le salaire journalier net.

La subrogation change aussi la présentation du bulletin. L’employeur verse alors les sommes dues au salarié et perçoit directement les indemnités journalières. La fiche de paie peut afficher une retenue, un maintien et une ligne d’IJSS, sans virement séparé de la CPAM.

Les exceptions ne prennent pas de congé

Un arrêt prolongé sans interruption ne déclenche pas une nouvelle carence. La période reste attachée au début de l’épisode. En cas de reprise du travail ne dépassant pas 48 heures entre deux arrêts liés à la même affection, aucune nouvelle carence ne s’applique en principe. Un nouvel arrêt pour une cause différente peut, lui, ouvrir une nouvelle période.

Pour une affection de longue durée, les trois jours de carence s’appliquent au premier arrêt de la période de trois ans liée à cette affection. Les arrêts suivants, lorsqu’ils concernent la même ALD pendant cette période, ne déclenchent pas trois nouveaux jours.

Les accidents du travail et les maladies professionnelles ne relèvent pas du régime de carence de l’arrêt maladie ordinaire. Les indemnités journalières suivent un calcul spécifique et le jour de l’accident est pris en charge par l’employeur. Le congé de maternité obéit également à un régime distinct.

Dans la fonction publique, des exceptions existent notamment pour certains congés liés à un accident de service, à une maladie professionnelle, à la maternité ou à une affection de longue durée. Le statut exact de l’agent compte, en particulier pour les contractuels.

La convention collective sort son joker

Pour connaître le montant réellement perdu, partez de la convention collective applicable et non d’une règle générale trouvée sur un forum. Le code IDCC inscrit sur le bulletin de paie aide à retrouver le bon texte. Le service RH peut préciser l’ancienneté exigée, le taux de maintien, la durée de prise en charge et l’existence d’une subrogation.

En Alsace-Moselle, le droit local peut prévoir un maintien de rémunération plus favorable pour certaines absences de courte durée, sous conditions. Cette règle ne se déduit pas du nombre de jours de carence CPAM. Elle doit être vérifiée avec le régime local et le texte collectif applicable.

Une entreprise peut aussi avoir instauré une règle plus favorable par accord collectif ou décision unilatérale. La prévoyance intervient parfois après quelques jours, parfois après une durée plus longue. Certaines garanties couvrent l’intégralité du salaire de référence, d’autres seulement une fraction du revenu. Le mot « prévoyance » ne suffit donc pas à connaître la couverture.

48 heures pour éviter le faux départ

L’arrêt de travail doit être transmis dans les 48 heures, selon le mode d’envoi prévu par le médecin et l’Assurance Maladie. Lorsque l’employeur doit recevoir un volet papier, celui-ci doit également lui parvenir dans ce délai. Un retard peut compliquer l’instruction du dossier et le versement des indemnités.

Conservez l’avis d’arrêt, les relevés d’indemnités et les bulletins de paie concernés. Si le maintien prévu par la convention n’apparaît pas ou si la retenue semble incohérente, demandez le détail du calcul par écrit. En cas de désaccord persistant sur le salaire, un représentant syndical, un défenseur syndical ou un professionnel du droit du travail peut examiner les documents avant toute démarche.

Un arrêt maladie se lit à trois niveaux : le délai CPAM, le maintien employeur et le texte collectif applicable. Un jour, trois jours, sept jours : la fiche de paie ne joue pas au loto. Elle applique un statut et des règles précises, même quand la ligne d’absence donne envie de compter les centimes au doigt mouillé.